שתי סיטואציות דומות פוגשות את משה כמנהיג. האחת התרחשה בתחילת שנת הארבעים בשעה שחטאו בחטא העגל שם משה פועל בנחישות שובר את לוחות האבן לעיני ישראל, ולאחר מכן בעזרת שבט לוי נוקם בחוטאים והמחטיאים . אולם בסוף שנת הארבעים בעת שישראל חוטאים בחטא דומה של עבודה זרה וגילוי עריות תגובתו של משה שונה. מצד אחד הקב"ה מצווה את משה לנהל משפט מהיר לחוטאים. מצד שני בו בזמן, שזמרי בן סלוא משבט שמעון חוטא עם המדיינית לעיני העם משה אינו נוקף אצבע. פנחס בן אלעזר בהחלטה מהירה דוקר את שניהם. מדוע משה נרתע מתגובה? היכן הנחישות שעמדה לו לפני ארבעים שנה בעת שהגיב בקנאות ראויה בחטא העגל? חז"ל השלימו עבורנו פער, שאינו מפורש בכתובים וזו לשונם (סנהדרין פב ע"א):
'תפשה בבלוריתה, והביאה אצל משה. אמר לו: בן עמרם! זו אסורה או מותרת? ואם תאמר אסורה – בת יתרו מי התירה לך? נתעלמה ממנו הלכה, געו כולם בבכיה, והיינו דכתיב: 'וְהֵמָּה בֹכִים פֶּתַח אֹהֶל מוֹעֵד'. וכתיב: 'וירא פנחס בן אלעזר' (שם). מה ראה? – אמר רב: ראה מעשה, ונזכר הלכה. אמר לו: אחי אבי אבא, לא כך לימדתני ברדתך מהר סיני: הבועל את הנכרית קנאין פוגעין בו! – אמר לו: קריינא דאיגרתא איהו ליהוי פרוונקא (= קורא האגרת הוא יהיה השליח לבצע הנכתב בה).'
זמרי בן סלוא עולב במשה לעיני כולם. המעמד הזה מותיר את משה המום כך, שאינו יודע כיצד לנהוג. באותו הרגע קופץ פנחס בן אלעזר ופוגע בזמרי על אף, שלשונו החדה של זמרי פוגעת בעקיפין גם בפנחס עצמו. שורשיו המשפחתיים של פנחס במדין שכן לפי מסורת חז"ל אלעזר אביו התחתן עם אשה מזרע יתרו.[שמות ,ו,כה וברש"י]. הרב יחיאל מיכל וינברג זצ"ל מסביר את הפער שבין החלטתו של משה לבין החלטתו של פנחס (שרידי אש מתוך: לפרקים עמ' תרח – תרט)
'למה משה התרשל כביכול ולא הרג בעצמו את זמרי ולמה השאיר את המצוה לפנחס? אמרתי: משה רבנו לא רצה ללחום נגד זמרי, בשביל שזמרי הזכיר לו כי גם הוא נכשל באותה עבירה, והטעם – לא רק בשביל שחשד את עצמו… אלא גם מחמת יפי הדעת והנפש, מאחר שמראית – עין של אותה עבירה ניתן לראות בו עצמו (ואף שזה היה קודם מתן תורה כמו שאומר המדרש) לא הרהיב ולא יכול להוכיח אחרים. ואף שמעשהו היה בהיתר ומעשה זמרי באיסור אבל יפה נפש כמשה אמר לעצמו: איני יכול והשבטים טענו לפינחס : גם אתה אינך צריך להיכנס למלחמה נגד זמרי לפי, שהנך בנו של אלעזר שנשא את בתו של יתרו וגם אתה הנך בנה של מדיינית ואיך אתה מרהיב לעשות מה שלא הרהיב משה רבנו?! פינחס ידע, שיאמרו כן ויזלזלו בכבודו, אבל הוא ראה במעשהו של זמרי סכנה לקיום עם ישראל בתחילת הוויתו. לכן מסר את נפשו והרג את זמרי כדי לחסל את הדרך להתבוללות. זה הקרבן היותר גדול בשביל אדם עדין ואציל נפש. פנחס ידע כי מעשיו ופעולתו לא יזכוהו בתשואות חן בקרב העדה, ובכל זאת ויקם מתוך העדה וקנא לכבוד שמים.'
משה הבין שבסיטואציה שנוצרה, הוא אינו יכול לפגוע בזמרי. פנחס קבל את הכרעתו של משה אבל ידע שעל אף, שגם הוא נצר למשפחה ממדין מוטלת עליו החובה, להציל את העם מהתבוללות. את הפער שבין משה לפנחס נוכל לראות גם בהמשך. משה מצטווה לנקום במדיינים אולם בפועל המשימה הועברה לפנחס בן אלעזר (לא,ו) ומסביר דעת זקנים מבעלי התוספות: ' הקדוש ברוך הוא אמר למשה נקום נקמת אתה בעצמך והוא משלח אחרים? אלא על ידי שנתגדל במדין אמר אינו בדין שאבגוד בהם, שהם עשו לי טובת הנאה כדאמרי אינשי בירא דשתית מינה מיא לא תשדי ביה עפרא.'. [בור ששתית ממנו אל תשליך עפר לתוכו]
משה חי את רוב שנותיו במדין והכיר טובה על כך. הוא אינו פוגע במדיינים וגם לא פועל כנגד זמרי וכזבי, שכן מבחינה ציבורית הוא משותק. לעומתו אלעזר על אף ששורשיו היו ממדין ונקמתו בזמרי היתה למורת רוחם של העם, גמלה בנפשו ההחלטה לנקום בזמרי בן סלוא ובכזבי בת צור על מנת להרחיק את סכנת ההתבוללות מהעם. באותו הרגע ויתר על כבודו ומעמדו למען קדושת העם. על נאמנותו המוחלטת זכה לכהונת עולם.